El Pseudomonas putida Genome Oligonucleotide Array (chip de oligonucleótidos del genoma de P. putida) es una herramienta de gran utilidad para el análisis de expresión génica en Pseudomonas putida KT2440, un organismo extensamente estudiado debido a su gran potencial catabólico, capaz de descontaminar substancias orgánicas incluyendo solventes tales como tolueno.
La cepa KT2440 (serotipo con certificado de bioseguridad) se utiliza rutinariamente en todo el mundo para estudios genéticos y fisiológicos y además también se está explotando en el desarrollo de una gran variedad de aplicaciones biotecnológicas. Cambios en expresión génica podían explicar el metabolismo extremadamente versátil de este microorganismo.
El P. putida Genome Oligonucleotide Array proporciona la oportunidad de estudiar la expresión y la regulación de 5539 ORFs de forma simultanea en un solo experimento.
Progenika Biopharma desarrolla DNA-chips de oligonucleótidos para analizar la expresión génica tanto de organismos eucariótas como procariótas. Los DNA-chips se basan en sondas de oligonucleótidos impresas sobre un porta-objetos de cristal que detectan las transcripciones del interés.
Cada gen es representado por un oligonucleótido de unas 50 bases que hibrida cerca del extremo 3' del gen diana; las secuencias de los oligonucleótidos se seleccionan para que tengan una homología mínima con otros genes presentes en el chip (homología menor del 70% a cualquier entrada en GeneBank) para reducir el riesgo de hibridación no específica.
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